Você está usando o registrador certo para habilitar/desabilitar as interrupções dos Matches, mas pode ser que tenha ocorrido o seguinte:
a) T0MCR bit 0 (MR0I) controla se haverá interrupção quando comparador 0 se igualar ao contador. Você fez T0MCR=4 e portanto desabilitou a interrupção. Mas ao mesmo tempo ativou o bit MR0S.
b) Você testou em seguida se a interrrupção ocorreria quando houvesse o MATCH, mas descobriu que a interrupção realmente não acontece pois estava desabilitada. Porém, o bit MR0S ativado faz com que no instante do MATCH o T0TCR bit 0 vai para 0... o que causa a parada do contador (disable).
c) Fazendo T0MCR = 3 vai habilitar a interrupção, mas sem colocar T0TCR bit 0 novamente em 1 não teremos contagem.
Será que foi isso que aconteceu ?