Fabim, não entendi sua pergunta, mas consegui resolver o problema, e como contribuiçaõ para o Forum, deixarei as fontes que usei para solucionar o problema.

Na microchip, usei o AN907
E usei a logica expressa no site
http://www.haydoneurope.com/stepper_motor_theory.php. (onde tbm existem os outros modelos de motores de passo)

A montagem do hadware foi coincidente com a que se segue no link, mas ao inves de 12V usei 5V, e Mosfets mais faceis de achar como o IRFZ34.

Obs: O motor no centro do desenho é a bobina, por isso usei um esquema desse para cada bobina.
http://img525.imageshack.us/my.php?image=pontecb5.jpg
Esse link foi retirado de outro post aki do ASM que tratava de reversão de motores.