Tristemente, no Brasil, boa parte dos professores são inimigos da rede privada.

Bom, minha sugestão seria colocar apenas as partes principais do código no TCC, e não fornecer os arquivos.Isso deve manter a turma do Crtl+C Ctrl+V longe. Não citar o compilador que usa, ou o microprocessador que trabalha pode ajudar também. No final coloque partes de um código no ANSI C e deixe que o sujeito que possivelmente queira copiar que se vire.
Se souber de um código não otimizado pra colocar no lugar, melhor. Coloque o código não-otimizado no TCC e guarde o otimizado pra você.
Quanto às patentes, eu não me preocuparia muito... aqui no Brasil elas simplesmente não funcionam.
But to us there is but one God, plus or minus one - Corinthians 8:6±2. (xkcd.com)