Pergunta, vc precisa de algum hardware especial para rodar o seu sistema no hd externo? pq se nao precisar, vc pode fazer o seguinte, instalar o virtualbox Portable no hd externo e criar um sistema operacional dentro do hd externo.
Link para o VirtualBox Portable:
http://linkandobr.blogspot.com/2009/08/ ... e-310.html
agora, uma opcao é vc instalar o ubuntu no hd externo, depois de carregar ele instalar o virtualbox dentro dele.
O virtualbox é um sistema de virtualizacao de maquina. pode rodar qualquer sistema operacional na maquina virtualizada, digo, no ubuntu rodar uma maquina windows.
a vantagem da virtualizacao de maquinas é que vc pode pausar uma maquina e guardar varios estados dela. Tipo um boot bem rapido que carrega uma imagem virtualizada do XP com o office aberto num documento do word.
A maquina virtualizada é um conceito um pouco complicado de entender no inicio, o VMWARE é o mais conhecido.
A vantagem da virtualizacao é que vc pode rodar em qualquer lugar. em qualquer pc a qualquer hora.
Eu uso o ubuntu num pendrive de 4gb. mas o uso mais para reparo em estacoes com problema. Agora, se vc usa umas ferramentas estranhas de hw no notebook, talvez a virtualizacao nao seja a melhor opcao pra vc. tenta ver se vc pode fazer as coisas no linux instalado no hd externo.