De trás pra frente:
2) Os arquivos .sql são scripts a serem rodados pelo terminal mysql. Esses scripts são montados em linguagem SQL para criação/manutenção do BD, operações de insert, update e delete, para importação/exportação de dados tb.
1) No ultimo link q postei acima tem um front-end web para administração do mysql. Além disso o Eclipse tem um plug-in para BDs excelente.