Os mais clássicos são dos documentos do Kov (Gustavo Noronha):
Manual DEB: Manual que visa auxiliar de um modo mais 'direito' a forma de se criar seus pacotes .deb.
http://debian-br.sourceforge.net/view.p ... manual-deb
Como usar o APT: Manual de referência sobre as facilidades do sistema APT.
http://debian-br.sourceforge.net/view.p ... owto-pt_BR
Mas como falado, para instalação, upgrade, remoção e talz, o ideal seria usar o Sinaptic para modo gráfico (eca!) ou o Aptitude para modo texto. O uso direto do apt-get já não é mais recomendado a uns 2 ou 3 anos. Na realidade ele foi criado para testar as funcionalidades da libapt, e acabou "pegando" sozinho, pois em tese deveria ser usado juntamente com o dselect, como front-end, coisa essa que "não pegou". Mas o aptitude é muito mais completo e tem um algorimo melhor para resolução de dependencias.
Para criação de pacotes, outra coisa interessante para se aprender é o auto-apt, que resolve dependencias em tempo de compilação, reduzindo em muito suas dores de cabeça.