Olá Pask!
Dois sinais PWM acionando um drive push-pull não são complementares. Se entendi bem, você está certo, são defasados no tempo. Outro detalhe. O ciclo ativo (com um dos transistores ou mosfet conduzindo), não pode alcançar os 50%, sob pena de queimá-los.
Ao se ligar o sistema, se o trafo (push-pull) não for bem projetado, vai aparecer uma baita corrente inicial, que normalmente queima os drivers.
Respondi o seu e-mail.
MOR_AL